Det langsigtede mål for behandlingen af hepatitis C er at undgå skrumpelever og leverkræft. Dette kan man opnå ved at fjerne hepatitis C fra blodet og leveren. Den behandling af kronisk hepatitis C, der er bedst lige nu, er at tage en kombination af stofferne alfa-interferon og ribavirin. Alfa-interferon skal tages som indsprøjtning i huden tre gange om ugen, En ny form for alfainterferon, det såkaldte pegylerede interferon skal kun tages en gang om ugen, mens ribavirin skal tages som tabletter to gange om dagen.
Kombinationsbehandlingen varer mellem seks og tolv måneder. Varigheden afhænger af, hvilken undertype hepatitis C virus, personen har, og hvor meget virus, der er i blodet. I gennemsnit vil ca. hver anden patient blive helt fri for virus i blod og lever og kan betragtes som raske. Bivirkninger ved alfa-interferon
Bivirkninger ved behandling med alfa-interferon ligner ligner symptomerne på influenza, dvs. feber, kulderystelser, led- og muskelsmerter og ofte kvalme og humørsvingninger. Desuden påvirker behandling med alfa-interferon knoglemarvens evne til at danne hvide blodlegemer og blodplader. Disse bivirkninger er mest udtalte i starten af behandlingen. Hos nogle forsvinder bivirkningerne først i løbet af behandlingen. Desuden får nogle personer nogle sjældnere bivirkninger efter længere tids behandling. Det drejer sig især om en betændelse i skjoldbruskkirtlen. Dette kan betyde, at de pågældende skal have vedvarende behandling med skjoldbruskkirtelhormon. Bivirkningerne ved behandling med ribavirin er, at de røde blodlegemer bliver påvirket, så der kan komme forbigående, let blodmangel.